Charles Lucien Jules Laurent Bonaparte, II Príncipe de Canino y Musignano (París, 24 de mayo de 1803 - París, 29 de julio de 1857), fue un naturalista, político y ornitólogo francés. Hijo de Lucien Bonaparte y sobrino del emperador Napoleón Bonaparte.
Bonaparte creció en Italia, antes de dejar Italia había descubierto una nueva especie de carricerín, el carricerín real (Acrocephalus melanopogon). Ostentó los títulos propios de II Príncipe de Canino y Musignano.
Después de casarse con su prima Zenaida (Zenaïde Charlotte Julie Bonaparte) el 29 de junio de 1822 en Bruselas, viajó a los Estados Unidos. Y en el viaje a América recogió especímenes de una nueva especie de petrel o paíño, el petrel de Wilson (Oceanites oceanicus). Al llegar a Estados Unidos presentó un artículo sobre la nueva especie, que fue bautizada en honor de Alexander Wilson. El género de palomas Zenaida fue descrito por él y dedicado a su esposa.
Tuvo ocho hijos:
Bonaparte se dedicó entonces a actualizar la obra de Wilson American Ornithology. La versión revisada fue publicada entre 1825 y 1833.
En 1824 Bonaparte intentó que el entonces desconocido John James Audubon fuera aceptado por la Academia de Ciencias Naturales, pero su aceptación fue rechazada por la oposición del ornitólogo George Ord.
A finales de 1826 Bonaparte y su familia regresaron a Europa. Visitó Alemania, donde conoció a Philipp Jakob Cretzschmar, e Inglaterra, donde conoció a John Edward Gray en el Museo Británico y renovó su amistad con Audubon.
En 1828 se instaló en Roma con su familia. Entre 1832 y 1841 Bonaparte publicó su obra sobre los animales de Italia, Iconografía della Fauna Italica. Se exilió en 1849, a causa de su implicación en un movimiento pronacionalista, y murió en París.
La abreviatura Bonaparte se emplea para indicar a Charles Lucien Bonaparte como autoridad en la descripción y taxonomía en zoología.
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