La Facultad de Ciencias Químicas y Farmacéuticas se originó en un curso de Farmacia, que comenzó a ofrecerse en 1833 en el Instituto Nacional, con un plan de estudios de 3 años que comprendía las asignaturas de Farmacia, Botánica y Zoología. Con el paso del tiempo se fueron incorporando otras cátedras como Química Orgánica e Inorgánica, y Mineralogía en 1843. Sobre esta base nació en 1911 la Escuela de Farmacia de la Universidad de Chile, la cual era dependiente de la Facultad de Biología y Ciencias Médicas.
Entre 2018 y 2019 hubo importantes movimientos feministas luego de denuncias de acoso por parte de estudiantes y egresadas en contra de académicos. Luego de una nula respuesta de las autoridades de la facultad, se organizó una toma de la facultad de Cs. Químicas y Farmacéuticas de la Universidad de Chile que duró hasta que el Rector del periodo resolvió desvincular a los involucrados de sus actividades docentes. La toma fue precedida por diversos movimientos feministas de estudiantes universitarias y secundarias, las cuales fueron transversales en diversas facultades de la Universidad de Chile. Estos movimientos, en medio de la coyuntura mundial de los movimientos feministas de marzo de 2018, dieron paso a la creación de la Dirección de Igualdad de Género de la U. de Chile.
En 1945, bajo el rectorado de don Juvenal Hernández Jaque, se creó la Facultad de Química y Farmacia que durante muchos años solo impartió la carrera de químico farmacéutico, profesional que hoy ha llegado a ser un valioso integrante del equipo de salud.
En las décadas siguientes los avances de la ciencia fueron planteando la necesidad de formar otros profesionales en diversas especialidades vinculadas al campo de disciplinas que comprendía esta Facultad. Fue así como en 1958 se creó la carrera de Bioquímica, con estudios orientados al área de salud humana, animal y vegetal, a la producción de sustancias de origen biológico y a la explotación de los recursos naturales biológicos del país: en 1960 comenzó a impartir la carrera de Química para responder a la creciente demanda nacional de químicos capacitados para desenvolverse en las diversas ramas de esta ciencia y sus disciplinas industriales: y en 1971 se creó la carrera de Ingeniería en Alimentos para formar a un profesional con preparación científica y técnica para dirigir y para formar a un profesional con preparación científica y técnica para dirigir y controlar las operaciones de elaboración, estabilización, almacenamiento, conservación, envase y transporte de alimentos. Ese mismo año se inició el desarrollo de los programas de postgrado, con la creación de los doctorados en Química y en Ciencias Farmacéuticas, a los que en 1978 se agregarían los programas de magíster y doctorado en Bioquímica.
El 20 de enero de 1981 se integran las facultades de Ciencias y de Ciencias Químicas y Farmacológicas, para formar la Facultad de Ciencias Básicas y Farmacéuticas. Posteriormente, según Decreto Nº 381 del 22 de enero de 1985, se crea la actual Facultad de Ciencias Químicas y Farmacéuticas
La Facultad se encuentra organizada en los siguientes departamentos:
La Facultad de Ciencias Químicas y Farmacéuticas posee diversos centros y programas de investigación en sus dependencias, entre los que se cuentan:
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