La Facultad de Medicina de la Universidad de El Salvador es la segunda facultad más antigua de la UES (después de la Facultad de Jurisprudencia y Ciencias Sociales de la misma universidad), siendo fundada el 15 de noviembre de 1847. Además es la primera facultad de medicina en el país
El presidente Eugenio Aguilar (1846-1848) emitió el Decreto Ejecutivo del 15 de noviembre de 1847, publicado en la Gaceta de El Salvador No. 36, Tomo No. 1, del 26 de noviembre de 1847,en el que se acordaba el establecimiento de una cátedra de anatomía en el Colegio de la Asunción, el cual era un establecimiento de educación media que tenía como finalidad la formación de los bachilleres que ingresarían posteriormente a la Universidad de El Salvador. La fecha de este decreto ejecutivo es considerada por la comunidad universitaria como la de la fundación de la Facultad de Medicina.Este decreto ejecutivo, además de establecer dicha cátedra, prescribía que daría principio "por el estudio de la anatomía, debiéndose abrir el 15 del diciembre entrante", es decir, del año 1847. Sin embargo, la docencia se inició el 28 de febrero de 1849, fecha en que se procedió a organizar en la Universidad de El Salvador, la Facultad de Medicina y el Protomedicato, según una noticia publicada en la Gaceta de El Salvador No. 1, Tomo No. 2, del 2 de marzo de 1849.
Hasta 1980, la Facultad fue el único centro de estudios superiores que ofrecía las carreras del área de las ciencias de la salud en El Salvador.
La doctora Fátima Trinidad Valle de Zúniga fue decana de la Facultad entre 2007 y 2011. Para el año 2006, de acuerdo a las estadísticas de la universidad, la Facultad tenía un total de 4 864 estudiantes.
La decana de la Facultad es la Msc. Josefina Sibrián y el vicedecano el Dr. Saúl Díaz.
Para impartir el conjunto de carreras que ofrece, la Facultad cuenta con dos escuelas.
La Escuela de Medicina imparte una única carrera de grado, el doctorado en Medicina, cuyo plan de estudios, tiene una duración de siete años que culmina con un año de servicio social. Los estudiantes completan su formación clínica en cuatro hospitales escuela:
La Escuela de Tecnología Médica imparte las siguientes carreras de grado:
Todas tiene un plan de estudios con una duración de cinco años, las cuales se basan en módulos y no por materias, a excepción de la licenciatura en laboratorio clínico, donde los primeros años son en módulos (áreas comunes) y después cambia a materias. Cada licenciatura tiene la oportunidad de ejercer sus prácticas estudiantiles en los hospitales nacionales del país, donde cada carrera le asigna al estudiante el lugar de prácticas sin necesidad de que el estudiante busque donde hacerlas. Al finalizar cada ciclo se les otorgan reconocimientos a los alumnos de toda la facultad, por las notas que han presentado.
La escuela de posgrado de la Facultad de Medicina de la Universidad de El Salvador, se encuentra en el edificio conocido como La Rotonda, ubicado en el final de la calle Arce y avenida "Héroes y Mártires del 30 de Julio" frente al Hospital Nacional Rosales. Imparte las siguientes maestrías y diplomados:
Estos programas académicos son impartidos tanto en los hospitales del Centro Médico Nacional (Rosales, Maternidad, Bloom, Psiquiátrico, San Juan de Dios en Santa Ana, y San Juan de Dios en San Miguel) y en los hospitales del Instituto Salvadoreño del Seguro Social.
La Facultad de Medicina posee dos asociaciones estudiantiles:
Fundada el 13 de junio de 1921, es la asociación estudiantil más antigua de Centroamérica, dedicada a asustos académicos, culturales y estudiantiles. Celebra cada 13 de junio el día del estudiante de Medicina de la UES con la llamada Velada del Estudiante de Medicina, donde cada año académico del doctorado se reúne para formar grupos de teatro que representan los aspectos difíciles de la carrera, con un toque de humor.[cita requerida] Además de esto, realiza otras actividades culturales como el "Concurso de Talentos Musicales" y el "Concurso de Talentos Literarios". En lo académico se organizan jornadas de complemento para cada uno de los años; así como ponencias sobre temas relevantes del acontecer de salud en El Salvador.
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