La gobernación del Paraguay, llamada originalmente «Gobernación del Guayrá», fue un área administrativa integrante del Imperio español que perteneció al Virreinato del Perú hasta 1776 y al Virreinato del Río de la Plata hasta 1782. En 1782 se crea la Intendencia del Paraguay, la cual duró hasta 1811. Desde 1811 en adelante, gran parte de esta Gobernación dio lugar al Estado-Nación moderno llamado hoy República del Paraguay.
Su territorio comprendía la actual república paraguaya con ambas orillas del río homónimo que era la tenencia de gobierno general de Asunción, los treinta pueblos de las misiones guaraníes, además de las otras tenencias de gobierno dependientes, como la de Santiago de Jerez (actual estado brasileño de Mato Grosso del Sur) y la del Guayrá (actual estado brasileño de Paraná).
La capitulación del 21 de marzo de 1534 entre Pedro de Mendoza y la Corona española, creó la primera Gobernación del Río de la Plata, que luego fue también conocida como Gobernación del Paraguay con sede en Asunción, ciudad que fue fundada por Juan de Salazar y Espinosa en 1537.
En 1561 García Hurtado de Mendoza fue nombrado por su padre el virrey del Perú como gobernador de las áreas en donde Ñuflo de Chávez fundó Santa Cruz de la Sierra el 26 de febrero de 1551 y "La Barranca o Nueva Asunción" el 1 de agosto de 1559, quedando Ñuflo de Chávez como teniente de gobernador. De esta forma estos territorios quedaron desmembrados de la jurisdicción de la Gobernación del Paraguay y conocidos junto a la cercana gobernación al mando de Andrés Manso, como gobernaciones de Moxos. En 1564, Ñuflo de Chávez quedó como gobernador de ambas gobernaciones reunidas como gobernación de Santa Cruz de la Sierra.
En 1617 se produjo la división de esta gobernación, creándose la Gobernación del Paraguay o del Guayrá, siendo denominada Gobernación del Río de la Plata o de Buenos Aires, la parte sur con capital en esta última ciudad.
Fue parte integrante del Virreinato del Perú hasta 1776, fecha en la que quedó integrada en el Virreinato del Río de la Plata recién creado. Pasó a ser la Intendencia de Asunción del Paraguay en 1782, incluyendo los treinta pueblos de las Misiones guaraníes.
La división de la antigua gobernación del Río de la Plata y del Paraguay fue ordenada por una Real cédula de Felipe III de España el día 16 de diciembre de 1617, y fácticamente establecida desde el 17 de mayo de 1618, luego de terminar el mandato del último gobernador Hernando Arias de Saavedra, creándose de esta forma dos nuevas administraciones que originalmente una de ellas se le llamó «Gobernación del Guayrá», aunque terminó usándose el nombre de gobernación del Paraguay, y la otra, como gobernación del Río de la Plata.
Felipe III dispuso en dos reales cédulas de 1625 y 1626, agregar a la gobernación del Río de la Plata los territorios de las misiones jesuíticas del Paraná y del Paraguay.
Los portugueses, durante la unión dinástica aeque principaliter con Castilla, ocuparon las regiones de Cuyabá, Matogroso y Mbiazá o Campos de Vera, asolando también los bandeirantes de São Paulo las regiones de Tapé, Itatín y Guayrá.
Una Real Cédula de 11 de febrero de 1724, encargó a los obispos de Asunción y de Buenos Aires que arreglasen los límites jurisdiccionales entre ambas gobernaciones y obispados de acuerdo "á las erecciones de las iglesias y a la posesión y costumbre en que estuviesen". Los obispos designaron a los sacerdotes José Insaurralde y Anselmo de la Mata, quienes en Candelaria, el 8 de junio de 1727, pronunciaron su laudo:
El Rey dispuso el 6 de noviembre de 1726 que los trece pueblos de las Misiones del Río Paraná, fuesen agregados al Gobierno de Buenos Aires.
En 1750, el Tratado de Madrid de límites entre España y Portugal, al abolir la línea del Tratado de Tordesillas, afectó al Paraguay con las pérdidas del Guayrá (entre el río Paraná y el Océano Atlántico), la gran provincia del Itatín y la región de Cuyabá que fueron cedidos al Brasil portugués a cambio de la Colonia del Sacramento, en la Banda Oriental del Río de la Plata. En lo que respecta al Paraguay el tratado fijó los siguientes límites:
El tratado de Madrid fue anulado por el Tratado del Pardo en 1761.
El virrey ordenó el 9 de noviembre de 1779 que el límite entre la tenencia de gobierno de Corrientes y la Gobernación del Paraguay fuera el arroyo Hondo, mediando así en la disputa por las tierras entre los ríos Tebicuary, Paraguay y Paraná, dividiendo en dos el territorio.
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