La heterocromatina son regiones de la cromatina más compactas, condensadas, empaquetadas que se tiñen fuertemente con coloraciones para ADN. (P ej. DAPI (heteropicnosis positiva). Cromosoma + proteínas histonas, que están en estado condensado, por lo que no se puede transcribir en esta conformación. La eucromatina se replica al inicio de la fase S, mientras que la heterocromatina se replica más tarde en fase S. La heterocromatina consiste principalmente en secuencias satelitales genéticamente inactivas, y muchos genes reprimidos en diversos grados.Tanto los centrómeros como los telómeros son heterocromáticos, también están formados por heterocromatina el corpúsculo de Barr (segundo cromosoma X inactivado en una mujer).
La heterocromatina se puede dividir en:
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