El desarrollo de los humedales en la sabana de Bogotá se ha constituido en el sistema de tierras húmedas más importante del norte de la cordillera de los Andes siendo este una importante reserva de fauna y flora para la ciudad de Bogotá. Estas tierras permiten el cuidado, conservación y reproducción de una amplia variedad de especies de mamíferos, reptiles y aves. Entre ellas se cuentan más de 70 especies de aves migratorias, gran variedad de especies endémicas y vegetales. Además todos en conjunto forman parte de la cuenca del río Bogotá estos humedales son ricos en fauna y flora, muchos de estos ecosistemas están desapareciendo por causa del crecimiento avanzado de la población en la ciudad de Bogotá.
Lamentablemente con el pasar del tiempo y el crecimiento constante de la ciudad de Bogotá se estima que de las 50.000 ha que cubrían los humedales la Sabana de Bogotá en 1940, hoy quedan aproximadamente 1.500 ha. Estos se encuentran en un amplio estado de deterioro.
Se ha logrado identificar en el distrito la presencia de tres tipos de ecosistemas de humedal diferenciados por su origen y posición. Es así como se observan los humedales de planicie ubicados en el área urbana y los humedales de ladera y páramo localizados en el área rural de la capital.
Hace 60.000 años toda la Sabana de Bogotá (incluyendo Bogotá y los municipios cercanos como Soacha, Funza, Mosquera, Madrid, Cota, Chía y Cajicá) estuvo cubierta por el gran Lago de Humboldt y la vegetación que predominaba alrededor era típica de un páramo. Con el tiempo, el clima se hizo más cálido y el fondo del lago empezó a levantarse. Hace 30.000 años, sus aguas se canalizaron a través del río Bogotá hacia el Salto del Tequendama. Así, se secó parcialmente separándose en varios cuerpos de agua menores que se fueron albergando plantas propias de bosques andinos y una gran diversidad de fauna como ranas, salamandras, lagartijas, culebras, venados, curíes, conejos, nutrias, chuchas, zorros, comadrejas, y más de cien especies de aves.
Los cuerpos de agua se consideraban sagrados, por ser el origen de nacimiento de los dioses muiscas y de la vida en el mundo. La cultura muisca los convirtió en centros ceremoniales y fuente de alimentación. En todas las etapas del individuo se consagraba en el agua y la diosa Sie o Sia lo acompañaba desde su nacimiento hasta la muerte. El rito funerario de los caciques era una especie de baño eterno, ya que eran enterrados junto con una gran cantidad de ofrendas de oro en el lecho de una laguna a la que previamente le habían desviado el curso y para finalizar la ceremonia, se liberaban las aguas que cubrían la tumba.
En el idioma muisca el humedal se llamaba chupqua, palabra que designaba un lugar bueno para la pesca o un pezón (aquello de lo cual se extrae la leche o el alimento). El nombre local de un humedal, "chucua", procede de esa palabra muisca.
Hacia 1538, Bogotá fue fundada con sus calles alineadas en el sentido de la pendiente, hacia el occidente. Eso permitiò un buen drenaje de aguas lluvias. Las actuales carreras seguían el eje de norte a sur desaguando en los ríos que bordeaban la ciudad: el San Francisco y el San Agustín, que vierten sus caudales en los humedales del occidente de la región.
Durante la el periodo español, se consolidó un sistema de desagüe primitivo. Las aguas residuales pasaban por el centro de la vía a través de un canal abierto; la mayoría de las viviendas no contaba con dispositivo sanitario y las basuras y aguas residuales eran enviadas al caño público. En 1580 se suplían las necesidades de consumo de agua, de las fuentes de los ríos San Agustín, San Francisco, Salitre, Fucha y Tunjuelo, las aguas residuales se revertían a los mismos ríos mediante caños o zanjas improvisadas, contaminando el agua que consumían incluyendo los humedales ya que los españoles observaron las prácticas rituales que los muiscas realizaban en torno a estos ecosistemas, crearon todo un sistema de destrucción para eliminar creencias que las consideraban “prácticas satánicas” considerándolos espacios marginales que atentaban a contra el desarrollo económico y social de la región.
Los conquistadores al establecerse conformaron un sistema de organización y administración durante la época, caracterizada por el esclavismo y una serie de costumbres feudales como las de expulsar sus desperdicios a las aguas, acabando con una tradición de cuidado y protección de los recursos hídricos por parte de los indígenas.
Durante esa época se hizo repartición de tierras a los conquistadores españoles, la transformación de la propiedad de la tierra en Bogotá, llevó a convertir estas en propiedad feudal donde se adjudican tierras en haciendas, estas haciendas en su mayoría practicaban la agricultura como medio de subsistencia lo cual generó la utilidad de los cuerpos de agua, entre ellos los humedales, como medio para la obtención de agua potable, como depósitos de aguas residuales, zonas de pastoreo y para cultivo. Además el aprovechamiento de este recurso mediante la explotación piscícola (extracción de guapucha y capitán de sabana para la cuaresma), en sus rondas se recolectaba leña como combustible, igualmente explotación del cangrejo de agua dulce; convirtiéndose estos lugares sagrados en centros de explotación insostenible. Posteriormente el establecimiento de haciendas españolas llevó a actividades de recreación activa como caza y cabalgatas.
Hacia el siglo XVIII la ciudad duplicó su población, con relación a 1580 (10 000 habitantes); lo anterior ocasiona un incremento en el abastecimiento de agua potable con tres precarios acueductos que conducían el agua por gravedad: Aguavieja, Aguanueva y San Victorino. Adicionalmente la ciudad contaba con 36 chorros de uso público. Tan solo unos cuantos habitantes de Santa Fe gozaban del servicio de acueducto, denominado en aquel entonces pajas o mercedes de agua.
En los años 1930 se inicia un proceso de fraccionamiento de los humedales con obras de infraestructura, a través de la construcción del aeródromo de techo y años más tarde la avenida de las Américas, obras que afectaron grandemente la laguna del Tintal no solo en su morfología sino en su funcionamiento hidráulico. Posteriormente una serie de obras especialmente viales y residenciales, continuó el proceso de fragmentación.
Intervenciones directas como cementerios, centros comerciales, avenidas, embalses como el actual del humedal Tibabuyes o construcción de clubes deportivos, parques de recreación como el humedal Santamaría del lago, vertederos de aguas residuales, barrios ilegales de urbanizaciones e industrias, o asentamiento por comunidades desplazadas.
Hoy en día se han definido entre los humedales más importantes de Bogotá para su conservación:
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