Johann Bauhin o Johannes Bauhin (Basilea, Suiza; 12 de febrero de 1541 – Montbéliard, Francia; 26 de octubre de 1613) fue un botánico y médico suizo.
Era hijo del médico Johann Bauhin y hermano de otro prestigioso médico y botánico, Caspar Bauhin.
Johann Bauhin estudió Botánica en la Universidad de Tubinga siendo su profesor Leonhart Fuchs (1501-1566). Una vez que terminó sus estudios, viajó con Conrad Gessner y se estableció para praticar la Medicina en la Universidad de Basilea, en donde se le designó como profesor de Retórica en 1566.
Cuatro años después aceptó el puesto de médico personal del Duque Federico I de Wurtemberg en Montbéliard, donde permaneció hasta su muerte. Bauhin se dedicó sobre todo al estudio de la Botánica. Su gran obra, Historia plantarum universalis, es un tratado de todo lo que sobre Botánica era conocido en su tiempo, y aunque estaba incompleta a su muerte, se fue publicando en Yverdon entre 1650-1651.
Historia plantarum universalis, 1650
Carlos Linneo llamó al género Bauhinia (familia Caesalpiniaceae) en honor de los dos hermanos Bauhin.
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