Joannes Magnin, hispanizado como Juan Magnin (Friburgo, Suiza, 11 de septiembre de 1701–Quito, 20 de julio de 1753) fue un misionero, cronista, cartógrafo, etnógrafo, filósofo novator y explorador jesuita suizo.
Hizo el noviciado jesuita en Landsberg el 10 de octubre de 1720 e hizo sus votos 1722. Después lo enviaron a Ingolstadt para estudiar Filosofía. Describió su llegada a Colombia en Primera Travesía de Colombia, 1725, por un misionero suizo y se estableció en el colegio jesuita de Quito más o menos en 1725; allí continuó sus estudios y se ordenó en 1729.
Le enviaron como misionero a Panamá y en el colegio de allí enseñó gramática y destacó como predicador. Ratificó sus votos en 1735 y se internó en la peligrosa selva del Darién, en donde estuvo con la tribu de los guaymíes. En 1739, como el padre Andrés de Zárate terminó su misión en la Amazonia y regresaba a España, decidieron que Magnin lo sustituyera y en ese mismo año llegó a Mainas. Usó rutas prehistóricas pasó a través de la cordillera y entró por Pelileo, pasó a los indios Canelos, y por los ríos Bobonaza y Pastaza. Fundó lo que él llamó Primer Centro Misional en el punto San Juan Evangelista de los Miguianos, cerca del río Itatay. De allí pasó a evangelizar a los Napeanos reemplazando a su colega José Bahamonde.
En 1740 entró en Borja, junto al pongo de Manserich, capital de la misión y centro de la Administración Civil, en 1740. Magnin, como sus compañeros misioneros, se frustraba porque no lograba concentrar a los indios en poblaciones, ya que su cultura era nómada y siempre se hallaba buscando tierra agrícola para la yuca que no se sometiera a inundaciones. Los indios, además, sometidos a guerras tribales (incluidas cacerías de cabezas) y a los abusos de soldados hispanos, de los cazadores de esclavos, en especial portugueses, y de los caucheros, que casi produjeron un genocidio entre las culturas silvícolas del área, desconfiaban de los europeos. De todo ello toma nota el etnógrafo suizo.
Tanto tiempo en la jungla provocó que enfermase de fiebres cuartanas, probablemente paludismo, malaria. Los exploradores franceses, como La Condamine, intentaron atraérselo.[aclaración requerida] Él hizo una célebre carta geográfica el año de 1740 y la Academia de Ciencias de París le nombró miembro correspondiente en 1746; con ella mantuvo correspondencia hasta 1749. Seguramente a causa de la evolución de su enfermedad tuvo que volver a Quito, donde no obstante enseñó Derecho Canónico en su Universidad de San Gregorio. Seguramente allí compuso su única obra filosófica, el Milliet en armonía con Descartes o Descartes reformado, cuya primera versión, perdida en un naufragio, data de 1744, y la segunda fue concluida en Quito el 12 de septiembre de 1747 y dedicada a su amigo Charles Marie de La Condamine; se trata de una defensa de Descartes; se ofrecen numerosos datos científicos y se defiende el sistema heliocéntrico copernicano; se ha editado modernamente en 1985 y en 2009. Falleció en Quito el 20 de julio de 1753.
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