Según algunos estudios genéticos realizados al cocodrilo hociquifino africano (Crocodylus cataphractus), Mecistops sería un género nuevo diferenciado e independiente del género Crocodylus, en el cual venía siendo clasificado hasta ahora, dentro de la subfamilia Crocodilynae de la gran familia Crocodylidae, formándose así un género conformado únicamente por la especie de dicho cocodrilo.
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