La raíz es el primer órgano embrionario que se desarrolla durante la germinación de la semilla. Se distingue primero con una porción poco diferenciada, que constituye la radícula. Esta, al desarrollarse, llega a constituir la raíz primaria, con su tejido de protección en la punta denominado cofia o caliptra. La raíz, como órgano de las plantas vasculares (con excepción de las psilofitas), generalmente crece hacia el interior del suelo por presentar geotropismo positivo y fototropismo negativo. La raíz en conjunto con el tallo constituyen el eje principal de las plantas. Entre ellos no existe una separación clara, ya que ambos tienen un cilindro de tejido vascular incluido en el tejido fundamental. Sin embargo, la estructura de la raíz tiende a ser más simple que la del tallo debido a su hábitat subterráneo. Las características que la diferencian del tallo son la ausencia de clorofila, yemas, nudos, entre otros, pero hay excepciones, como las raíces adventicias del maíz, que sí llegan a formar pequeñas cantidades de clorofila, y raíces que poseen yemas adventicias, como las del camote, el manzano y algunos rosales.
Sus funciones principales son la de absorción de agua y sales minerales del suelo por medio de los pelos absorbentes, hasta la raíz donde son conducidos (savia bruta) hacia el tallo y hojas donde se transforman en compuestos orgánicos durante la fotosíntesis. Además las raíces fijan las plantas al suelo por medio de resistencia al doblez. Las raíces de muchas especies vegetales pueden realizar funciones de almacén de reservas alimenticias, por ejemplo: camote, jícama, remolacha, mandioca y muchas otras, las cuales se aprovechan para la alimentación humana.
Las raíces pueden ser primarias, secundarias y adventicias. Existen algunas excepciones dado que algunas raíces pueden ser epigeas (que se encuentran sobre el suelo) o aéreas (que están muy por encima del suelo o encima del agua). También existen excepciones con el tallo, dado que en algunas plantas los tallos crecen debajo del suelo. Esos tallos son llamados rizoma.
En la punta de cada raíz en crecimiento hay una cobertura cónica llamada caliptra. Usualmente no es visible a simple vista y consiste en tejido blando no diferenciado. La caliptra recubre, protegiéndolo, al tejido meristemático o de crecimiento, por cuya proliferación por mitosis se originan las células que, tras su diferenciación, forman la estructura adulta de la raíz. Detrás del meristemo se encuentran: parénquima, tejidos vasculares y, en aquellas raíces que se deben engrosar en años sucesivos, meristemos remanentes, responsables del crecimiento secundario.
La caliptra provee de protección mecánica a las células meristemáticas cuando la raíz crece a través del suelo. Estas células son destruidas por el crecimiento de la raíz y la fricción con el suelo, pero son rápidamente reemplazadas por células nuevas generadas por división celular en la cara externa del meristemo de la raíz. La caliptra también está implicada en la producción de mucílago, que es una substancia gelatinosa que cubre a las células meristemáticas recién formadas. Estas células contienen estatolitos, que son granos de almidón que se hallan dentro de la célula y son muy densos, por lo que se mueven en respuesta a la fuerza de la gravedad, proporcionando a la raíz la información necesaria para su crecimiento.
La superficie externa de la raíz es llamada epidermis. Células epidermales nuevas absorben agua del medio ambiente circundante y producen unos vellos o pelos radiculares los cuales incrementan el área de absorción de agua de la célula epidermal. Los pelos radiculares son muy delicados y generalmente tienen una vida corta de algunos días. Cuando la raíz crece produce nuevos pelos radiculares para reemplazar a los que van muriendo. El proceso que las plantas utilizan para absorber agua del suelo se llama ósmosis. Este proceso utiliza la mayor concentración de sal dentro de la raíz comparada con el contenido de sal del suelo para atraer agua hacia la raíz. Por esta razón las plantas tienen mucha dificultad para absorber agua salina.
Bajo la epidermis encontramos al córtex que comprende a la mayor parte de la raíz. La función principal del córtex es la de almacenar almidón. Los espacios intercelulares en el córtex permiten el aireamiento de las células, lo cual es muy importante para la respiración.
La endodermis es una capa delgada formada por células pequeñas y se encuentra en la parte más interior del córtex, alrededor del tejido vascular. Las células que conforman la endodermis contienen una substancia llamada suberina la cual sirve para crear una especie de barrera impermeable, esta barrera se conoce como banda de caspari, la suberina se dispone transversalmente en la capa de células que forman la banda, en la parte exterior y vía apoplasto queda delimitado el espacio libre de la raíz. El agua solamente puede fluir en una dirección a través de la endodermis: hacia adentro o en otras palabras hacia el centro de la raíz.
El cilindro vascular o estela (llamado stele en inglés) comprende todo lo que se encuentra dentro de la endodermis. La parte externa es llamada también periciclo y rodea al auténtico cilindro vascular. En plantas monocotiledóneas el xilema y el floema están distribuidos al azar alrededor del centro del cilindro vascular. En Eudicotiledóneas las células de xilema están juntas formando una sola estructura.
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