La Secretaría del Tratado Antártico tiene como misión asistir a la Reunión Consultiva del Tratado Antártico (RCTA) y al Comité para la Protección del Medio Ambiente (CPA) en el desempeño de sus funciones, con el objetivo de fortalecer el Sistema del Tratado Antártico y de asegurar que todas las actividades desarrolladas en la Antártida sean congruentes con los propósitos y principios del Tratado Antártico y de su Protocolo sobre Protección del Medio Ambiente. Fue creada el 16 de junio de 2003 y tiene su sede en Buenos Aires, Argentina, desde el 1 de septiembre de 2004. La Secretaría está conformada por un equipo permanente en Buenos Aires asistido por personal de soporte alrededor del mundo.
La Secretaría del Tratado Antártico tiene la tarea de preparar y organizar tanto las Reuniones Consultivas del Tratado Antártico (RCTA), que se celebran anualmente, como las reuniones del Comité para la Protección del Medio Ambiente (CPA). La Secretaría facilita el intercambio de información entre las Partes requerido tanto por el Tratado Antártico como por el Protocolo sobre Protección del Medio Ambiente.
La difusión de información sobre el Sistema del Tratado Antártico y las actividades en la Antártida, así como la gestión de los documentos de las Reuniones Consultivas del Tratado Antártico son otras de las tareas asignadas a la Secretaría.
En julio de 1992, en la XVII Reunión Consultiva del Tratado Antártico realizada en Venecia (Italia), la delegación de Argentina presentó la candidatura de Buenos Aires como sede para la futura Secretaría. Como las decisiones del sistema del Tratado requieren de consenso, la oposición del Reino Unido provocó que las negociaciones se extendieran hasta julio de 2001, cuando en la XXIV Reunión Consultiva en San Petersburgo (Rusia), se aprobó el establecimiento de la Secretaría en la capital argentina.
En agosto de 2001 se informó que Argentina había realizado un acuerdo verbal con Reino Unido, comprometiéndose a cerrar la mitad de sus bases antárticas permanentes (cumpliendo un pedido británico de «parcial desmilitarización» del sector antártico reclamado por ambos países), aunque públicamente el Ministerio de Defensa había sugerido que era por «razones presupuestarias». Semanas más tarde, el entonces ministro de Relaciones Exteriores, Adalberto Rodríguez Giavarini, aclaró que las bases no se cerrarían.
Desde 2001 y hasta la XXVII Reunión Consultiva realizada en Ciudad del Cabo (Sudáfrica) en mayo y junio de 2004, se llevaron a cabo negociaciones relativas a la estructura, funcionamiento y financiamiento de la Secretaría. La sede se inauguró formalmente el 7 de septiembre de 2004 en oficinas cedidas gratuitamente por el Estado argentino, en el número 884 de la Avenida Leandro N. Alem.
En mayo de 2010 se ratificó definitivamente a Buenos Aires como sede de la Secretaría luego de años de negociaciones por parte de Argentina.
El primer secretario fue el neerlandés Johannes Huber, seguido en 2009 por el alemán Manfred Reinke. En junio de 2017, en la cuadragésima reunión consultiva del Tratado Antártico, fue elegido para el cargo el uruguayo Albert Lluberas.
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