El Sistema de clasificación APG II es un sistema para la clasificación de angiospermas según criterios filogenéticos, publicado en 2003 por un vasto grupo de investigadores que se autodenominó en conjunto «APG II» (del inglés Angiosperm Phylogeny Group, Grupo para la Filogenia de las Angiospermas). Es sucesor del Sistema de clasificación APG de 1998, y fue sucedido por el Sistema de clasificación APG III de 2009.
Este sistema de clasificación de plantas es marcadamente diferente de los anteriores tradicionales, basados en criterios morfológicos. El sistema está en pleno desarrollo y evolución, siendo revisado constantemente, pues muchos nodos de la filogenia son de conocimiento muy reciente (por ejemplo, que Amborella es la angiosperma basal) y otros no tienen un posicionamiento cladístico concreto.
Este sistema solo abarca categorías taxonómicas desde las especies hasta los órdenes, y no categoriza los taxones por encima del orden. Siguiendo esta línea, a los grupos de categoría superior a orden se los llama con nombres «informales» (no sujetos al Código Internacional de Nomenclatura Botánica), por lo que es más apropiado llamarlos «clados» en lugar de «taxones».
El sistema APG II es la siguiente versión del Sistema APG de 1998, actualización motivada por los avances obtenidos en 5 años en el conocimiento sobre la filogenia de las angiospermas. Esto generó varios cambios en la circunscripción familiar y en la clasificación, así como la adición de unos pocos órdenes nuevos.
En general, el APG II adoptó un acercamiento conservador y fueron propuestos cambios en el Sistema APG solamente cuando hubo nueva evidencia sustancial que apoyara una revisión de aquella clasificación. Así:
Con los cambios introducidos con el APG II, el número de órdenes se ha incrementado de 40 a 45, y el número de familias se ha reducido de 462 a 457. De las 457 familias, 55 están listadas entre corchetes.
Entre 1998 y 2003, se han publicado 5 sistemas para las angiospermas:
Posteriormente a 2003, Stevens en el Angiosperm Phylogeny Website continuó actualizando su sistema de clasificación a medida que aparecían nuevas publicaciones, por lo que se considera más actualizado que el APG II, pero más inestable (véase APW).
A pesar de ciertas «irregularidades» en la clasificación, el sistema representa un amplio consenso de los más respetables botánicos sistemáticos de la comunidad científica. El árbol filogenético aún no está terminado y hay cambios prácticamente con cada publicación científica, muchos de los nodos de esta clasificación ya han cambiado. La publicación completa en formato .pdf se enlaza en las referencias. Una clasificación actualizada se puede ver en Angiosperm Phylogeny Website.
Los nodos basales son los mejor consensuados hasta la fecha, a saber:
Un árbol consensuado y más actualizado hasta la categoría de orden, se puede ver en este enlace del APW.
Principales clados en el sistema (sin categoría taxonómica ni nombre científico):
Con más detalle (pero excluyendo una docena de géneros sin ubicación), comenzando cada listado con algunas familias u órdenes no ubicados en determinados clados:
Nota: "+ ..." = Familia segregante opcional, que puede separase de la familia precedente.
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