Copa Intertoto 2006

La Copa Intertoto 2006, a diferencia de las anteriores, se desarrolló en 3 fases con 49 equipos. Los 11 equipos ganadores de la tercera ronda ingresaron directamente a la segunda ronda clasificatoria de la Copa de la UEFA

17 y 18 de junio y 24 y 25 de junio de 2006.

1/2 de julio y 8/9 de julio de 2006.

¹El FK Zeta clasificó para las competiciones de la UEFA en ese año por pertenecer a la Asociación de Fútbol de Serbia y Montenegro durante la temporada 2005/06, pero al miamo tiempo formaba parte de la Asociación de Fútbol de Montenegro.^[1]​
²Se jugó en el Partizan Stadium en Belgrado, Serbia, debido a que el Stadion Trešnjica en Golubovci no cumplía con los requerimientos de la UEFA
³Se jugó en Herzliya debido a que el estadio del Maccabi Petah Tikva F.C. en Petah Tikva estaba siendo remodelado

15/16 de julio y 22 de julio de 2006.

1- Luego de consultar con la UEFA, el representante de Italia, el Palermo fue excluido de la Italian Football Federation (FIGC) el 6 de junio del 2006. Debido al arreglo de partidos por el escándalo en la Serie A del 2006, la FIGC no dio los resultados oficiales de la temporada 2005–06 de la Serie A a tiempo para que el Palermo compitiera en la Intertoto Cup y como consecuencia, el club francés de la Ligue 1 Auxerre lo reemplazó, según los reglamentos de la UEFA relacionados con la Copa Intertoto de la UEFA.

2- Se jugó el 16 de julio.

Los 11 equipos que superaron la tercera fase se proclamaron campeones de la Copa Intertoto. El trofeo de la Copa Intertoto fue entregado al Newcastle United por ser el equipo, de entre los clasificados vía Intertoto, que llegó más lejos en la Copa de la UEFA 2006/2007.