Los lofotrocozoos (Lophotrochozoa sensu stricto) son un supergrupo de animales conformado por moluscos, lofoforados, gusanos como los anélidos, entre otros. Son espirales, protostomados e inicialmente incluía a dos grupos importantes: Trochozoa, de los animales con larvas trocóforas como los moluscos; y Lophophorata, mayormente sésiles que presentan lofóforos (pequeños tentáculos). Posteriormente se ha ido ampliado ya que sea concluido que platelmintos y gastrotricos también pertenecen a este clado. Recientemente se ha incluido a los mesozoos que incluye a Orthonectida y Rhombozoa filos que son muy propensos a la atracción de ramas largas y que por causa de ello ha impido poder resolver sus relaciones en las últimas décadas. Los ortonectidos resultaron ser anélidos altamente simplificados mientras que la posición de los rombozoos es hasta ahora difícil de resolver.
Esta agrupación surge tras los estudios moleculares y los métodos cladísticos utilizados en la actualidad. Todos los zoólogos están de acuerdo con estas "nuevas clasificaciones" del reino animal. La cercanía filogenética con los gnatíferos, extendió el grupo a lo que hoy se denomina Spiralia, sinómimo de Lophotrochozoa sensu lato.
La filogenia de Lophotrochozoa es un asunto difícil de resolver para los especialistas debido a la gran cantidad de hipótesis alternativas que se sugieren en los diversos análisis cladísticos. Los datos tanto morfológicos como moleculares se contradicen entre sí y la posición de los determinados filos es difícil de precisar. La mayoría de los estudios moleculares colocan a los filos de manera muy mezclada. Actualmente se sabe que filos de Lophotrochozoa como Rhombozoa, Platyhelminthes, Gastrotricha, Bryozoa, Entoprocta y Cycliophora tienen tasas de evolución más rápida lo que impide reconstruir un árbol filogenético adecuado y llevan al factor de atracción de ramas largas.
Estudios recientes (2019) utilizando especies de evolución lenta que son menos proclives al error sistemático y datos cancatenados han dado el siguiente resultado que en muchos aspectos concuerdan con la morfología:
Un árbol filogenético alternativo publicado en el libro "The Invertebrate Tree Of Life" (2020) es el propuesto por Gonzalo Giribet. Los nodos marcados son defendidos por el autor:
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