La segunda temporada de la serie de ciencia ficción estadounidense Fringe comenzó a emitirse a través de Fox el 17 de septiembre de 2009 y concluyó el 20 de mayo de 2010. La temporada fue producida por Bad Robot Productions en asociación con Warner Bros. Television y sus show runners fueron Jeff Pinkner y J.H. Wyman. Los actores Anna Torv, John Noble y Joshua Jackson repitieron sus papeles como la agente del FBI Olivia Dunham, el Dr. Walter Bishop y su hijo Peter respectivamente. Los actores regulares de la temporada pasada, Lance Reddick, Jasika Nicole, Blair Brown y Kirk Acevedo volvieron pero este último solo en un par de episodios.
La temporada siguió la continuación de la guerra entre dos universos: el principal y el paralelo. Varios de los episodios ocurren en el principal excepto en los dos últimos episodios cuando Peter Bishop (Jackson) viaja de regreso al universo paralelo después de haber sido convencido por su verdadero padre, «Walternativo» (Noble). Si bien el cocreador J. J. Abrams describió a la primera temporada como "identificar al enemigo", la segunda se describe como "conocer al enemigo" ya que "se basa en un tipo muy específico de confrontación" entre los dos universos. Los escritores se enfocaron en el desarrollo de los personajes en particular, haciéndolos sentir más cómodos unos con otros, mientras se desarrollaban los conflictos de la División Fringe. Los mismos escritores inventaron el concepto de «mythalone» (mitoindependiente) para escribir los episodios, ya que con los productores crearon episodios perfectos que mezclaban las historias independientes de cada episodio para los espectadores casuales pero con un mayor desarrollo de la mitología para los espectadores regulares.
A diferencia de la temporada pasada, la segunda temporada fue cambiada de horario a uno más competitivo: jueves a las 9:00 P.M. La temporada contiene 22 episodios, además de uno que fue realizado durante la primera temporada, «Unearthed», que salió al aire como un especial y como el 11 de la segunda temporada días antes de «Johari Window», el primer episodio nuevo de 2010. También forma parte de la temporada el episodio musical «Brown Betty», que fue realizado debido a una petición de la cadena de televisión. La final de temporada, «Over There», introduce totalmente el universo paralelo y sentó las bases para la tercera temporada.
Fringe terminó su segunda temporada con un promedio de 6.252 millones de espectadores por episodio y un share de 2,3 de índice de audiencia en el grupo demográfico de 18 a 49 años. La temporada en general fue bien recibida por la crítica aunque la mayoría coincidió que la segunda mitad fue mucho mejor que la primera. La serie fue elegida en 2010 por The New York Times, Seattle Post-Intelligencer y Entertainment Weekly como «lo mejor de la televisión». A pesar de haber sido aclamada por la crítica, Fringe no fue elegida en ninguna categoría de las nominaciones principales de los Premios Emmy de 2010, aunque sí recibió nominaciones en las Artes Creativas de los Emmy, en los Premios Golden Reel y en los Premios Saturn donde en este último Torv y el actor invitado Leonard Nimoy ganaron en sus respectivas categorías. La segunda temporada fue lanzada en DVD y Blu-ray en la región 1 el 14 de septiembre, en la región 2 el 27 de septiembre y en la región 4 el 10 de noviembre, todos durante 2010.
La camioneta de Olivia es hallada después de un accidente de tráfico en Manhattan; sin embargo, Olivia no está en ella. Minutos después, de la nada, sale expulsada a través del parabrisas tras haber viajado a un universo paralelo y es hospitalizada con lesiones cerebrales. La agente del FBI, Amy Jessup (Meghan Markle), se interesa en la División Fringe y comienza a investigar profundamente. El conductor del automóvil que chocó con Olivia resulta ser un soldado metamorfo del universo paralelo a quien le ordenan matar a Olivia. Cuando Olivia despierta repentinamente del coma no recuerda ningún detalle y el metamorfo (que en ese instante tiene la forma de una enfermera) intenta matarla. En el sótano, Francis aparentemente mata al metamorfo, pero más tarde se revela que el metamorfo lo mató a él y asumió su forma. Broyles viaja a Washington D. C. para defender a la División Fringe donde Peter le entrega el dispositivo del metamorfo para cambiar de forma y así Broyles puede justificar los fondos de la División
La División Fringe investiga a un obrero que estaba trabajando en el arreglo de un calle que fue empujado a un túnel subterráneo donde se hayan los restos de otras seis personas que también desaparecieron de la nada. Mientras tanto, Olivia, quien fue dada de alta, comienza a tener el oídio demasiado sensible así que Nina Sharp le aconseja visitar a Sam Weiss (Kevin Corrigan), un hombre que puede empezar a ayudar con los efectos secundarios. La investigación de la desaparición lleva a la residencia de Andre Hughes (John Savage), quien perdió a su esposa y a su bebé durante el parto. Cuando los cuerpos son exhumados, se encuentran con el ataúd del bebé vacío. Walter se entera que Hughes ha alterado genéticamente al bebé mediante la incorporación de ADN de topo y escorpión. Cuando Peter y Olivia encuentran el sótano de la familia Hughes, son atacados por el bebé ahora adulto, pero el túnel colapsa, causando que un automóvil de policía caiga hacia los túneles causando la muerte del híbrido.
Un experimento militar secreto está convirtiendo a la gente en bombas humanas. Después que tal bomba detona en una estación de tren, Peter y Olivia viajan a Irak para contactarse con uno de los conocidos de Peter que estuvo involucrado en el proyecto. Encuentran una lista de nombres con las personas experimentadas, entre ellos la víctima de la estación de tren. Es por eso que van a buscar a personas afectadas que están vivas para evitar la siguiente explosión. Encuentran al hombre responsable del experimento (Stephen McHattie) y lo toman en custodia. El sujeto sugiere que las bombas estaban destinadas a eliminar a los agentes que trabajan junto al Observador. Por otra parte, Sam cura la pierna mala que Olivia tenía.
Un grupo de metamorfos están robando cabezas humanas, donde buscan específicamente una. Walter visita a una mujer (Theresa Russell), con quien experimentó con drogas psicodélicas, con el fin de recordar como ella lograba identificar a los metamorfos a través de su vista. Ella accede voluntariamente a ayudar. Después de haber sido drogada, ella ve a los nuevos metamorfos. Mientras tanto, Olivia recuerda su encuentro con William Bell (Leonard Nimoy) dónde él le explica lo que los metamorfos están buscando y que lo único que puede detenerlos es la «tormenta». Luego, Olivia se reúne con Nina, dónde ella le explica que la «tormenta» es un evento que Bell teorizó: cuando los dos universos se fusionen, solo uno sobrevivirá, entonces aquello es lo que los metamorfos intentan hacer. Por otra parte, Dunham descubre que Charlie ha muerto y que fue reemplazado por un metamorfo así que lo mata. Los metamorfos encuentran la cabeza que estaban buscando y la adjuntan a su cuerpo.
En Seattle un hombre ataca a su jefe porque cree que es un demonio. Walter encuentra un chip de computadora conectado al tálamo de la víctima, que es la parte del cerebro que controla los sueños. Broyles y Sharp revelan nueva información acerca del investigador que implantó los chips del sueño. Walter cambia su teoría y dice que tal vez los sueños están siendo robados de las personas para causar placer en el investigador, quien los recibe y tiene dos personalidades. La personalidad del doctor tiende una trampa a Olivia y a Peter donde es descubierto su trastorno de personalidad. Mientras tanto, Olivia está sufriendo por la muerte de Charlie ya que fue ella quien descubrió, en el episodio anterior, que fue asesinado por un metamorfo. Sam le ayuda a enfrentar su dolor recordándole la primera vez en que ella conoció a Charlie.
La División Fringe está desconcertada por los casos de personas que inexplicablemente se convierten en cenizas. Broyles tiene un interés particular en el caso ya que trabajó con él en el pasado. Él dice que todos los que murieron habían ido recientemente a un hospital. La investigación lleva al equipo a Rusia y se enteran que la ciencia fringe también es desarrollada en esos países. La explicación al caso se debe a que un hombre ruso fue enviado al espacio y volvió con una entidad oscura en él quien roba la radiación natural de las personas y los mata. Walter descubre que el hombre y la entidad están conectados y no pueden separarse, por lo que Broyles mata al hombre para poner fin a los asesinatos. Sin embargo, la CIA da a entender que el astronauta que Broyles mató adquirió esa propiedad en algún lugar del espacio.
Tyler Carson (Cameron Monaghan), el hijo de un empleado de Massive Dynamic (Andrew Airlie), es secuestrado por dos personas de las cuales se creen que están usando control mental para evitar su captura. Sin embargo, en una emboscada que la División Fringe realiza, el equipo se entera de que Tyler es el que está usando control mental luego de que toma a Peter como rehén. Walter sospecha que tomó alguna de las drogas que se están desarrollando para permitir que los pilotos controlen los aviones mentalmente. Peter se da cuenta de que Tyler se secuestró debido a la mentira que su padre le dijo: le contó que su madre había muerto cuando en realidad no había sido así. Walter idea una manera de «cerrar» el cerebro de Tyler durante unos segundos para que Peter pueda tomar el control del vehículo. Al final, Massive Dynamic deja bajo custodia a Tyler y es llevado a una sala llena de clones de Tyler. Nina Sharp reporta el incidente a William Bell.
Un Observador, «Agosto» (Peter Woodward) secuestra a una chica en Boston que tiene la intención de tomar un vuelo que se estrellará, muriendo todos a bordo. Sabiendo de las acciones de «Agosto», los otros Observadores envían a un asesino (Paul Rae) para que mate a la chica. «Agosto» organiza un encuentro con Walter donde este último le dice que la chica puede ser salvada si él la hace importante. Cuando el asesino llega al lugar donde está la chica, Peter y Olivia lo matan, aunque Agosto es herido mortalmente durante el proceso. El Observador original, «Septiembre» (Michael Cerveris), le informa a Agosto que la chica ahora es importante porque fue responsable la muerte de un Observador. Un científico de Massive Dynamic investiga a los Observadores e informa que ellos han aparecido a lo largo de la historia. La hipótesis que se maneja es que son viajeros en el tiempo que parecen observar acontecimientos históricos importantes. Al final, dos Observadores llegan a la conclusión de que todo está a punto de empeorar para Olivia.
Un buque de carga dañado llega a tierra y todos los miembros de la tripulación parecen estar infectados con calamares pero estas criaturas resultan ser gigantescos parásitos. Se dice que los gusanos son una modificación del ancylostoma duodenale. Mientras la División Fringe investiga, el reloj comienza a correr cuando Olivia, Peter y Broyles descubren una conexión entre el accidente aterrador y una organización mortal.
El equipo investiga a un enfermo mental que recibió una cirugía cerebral por parte de un grupo de metamorfos, curándolo instantáneamente. Viendo el vídeo de seguridad, Olivia reconoce a Thomas Jerome Newton (Sebastian Roché), el líder de los metamorfos que fue reanimado al final del episodio «Momentum Deferred». Cuando casos similares ocurren, el equipo se entera que tres pedazos del cerebro de Walter fueron removidos de su hipocampo, los cuales fueron almacenados en los cerebros de los pacientes curados. Sabiendo que solo Walter puede comprender los recuerdos de cómo abrir un portal hacia el universo paralelo, los metamorfos lo secuestran. Cuando Walter es encontrado, Newton obtuvo lo que tenía que saber y escapa. Cuando someten a Walter a una resonancia magnética, recuerda una cirugía anterior donde Walter fue operado por William Bell quien le removió los pedazos de cerebros y los escondió en pacientes para evitar que alguien tuviera la información de él.
Este episodio fue producido durante la primera temporada, sin embargo no fue emitido hasta la segunda temporada. Una adolescente de diecisiete años, Lisa (Alice Kremelberg), regresa a la vida. La División Fringe investiga y luego determinan que al mismo tiempo un soldado de nombre Rusk fue asesinado, llegando a creer que la conciencia de Rusk poseyó a Lisa. El equipo descubre que Rusk estaba en una misión para vengarse de su esposa que lo había matado. Walter postula que, debido a una fuerte exposición de radiación, la energía de Rusk no se gastó completamente y por tanto pudo poseer a Lisa. Rusk poseyó a Lisa el tiempo suficiente para enfrentar a su esposa hasta que finalmente fue capaz de purgar su consciencia.
Un policía estatal encuentra a un niño en la carretera y lo lleva de regreso a la comisaría para encontrar a sus padres. El niño se transforma en una criatura deforme y la estación es asaltada por otras personas deformes que matan a los policías. El equipo Fringe investiga, pero sin embargo las personas desfiguradas intentan mantener en secreto el caso. Walter recuerda un experimento hecho años antes en la ciudad: la gente comenzó a deformarse como consecuencia de las pruebas realizadas. También descubre que las personas se las arreglaron para ocultar sus deformidades por medio de un pulso electromagnético masivo que atraviesa la ciudad. El pulso los hace parecer normales, pero solo al ojo humano. La población hará cualquier cosa para mantener todo igual y para ello intentan matar a Olivia y a Peter, pero alguien los salva al no querer hacer daño a los extranjeros que han descubierto su secreto. El equipo Fringe decide mantener el secreto de la ciudad, de modo que los residentes puedan vivir una vida normal.
Después de que las venas de un hombre estallan con sangre infectada con un virus letal, Peter y Olivia investigan y llegan a la conclusión de que deben poner en cuarentena a las personas expuestas. Walter, Broyles y Astrid comienzan a trabajar para encontrar una cura. Posteriormente, descubren que Peter y Olivia no están infectados pero en realidad Peter sí lo está, ya que cuando está a punto de llegar al exterior, éste comienza a sangrar por la nariz. Si bien el virus domina la cordura de Peter, Walter comienza a angustiarse porque no puede perder a su hijo otra vez y accidentalmente le dice a Astrid "No puedo dejar que Peter muera otra vez". Los dos, posteriormente, encuentran una panacea basada en azufre, derivado del rábano picante y con la ayuda de Astrid, Walter puede curar la enfermedad de Peter y de las demás personas infectadas. Finalmente, Astrid se acerca a Walter a preguntarle a que se refería con que no podía dejar morir a Peter otra vez a lo que él responde: "Algunas cosas es mejor dejarlas en el pasado".
La División Fringe comienza a investigar cuando ciertas personas se asfixian durante una boda, . Después de otro ataque similar en una cafetería, Walter cree que la toxina del bioterrorista ataca a un cierto grupo étnico gracias a los genes. También se descubre que el asesino tiene más de 100 años y que fue un nazi. El padre de Walter, Robert Bischoff (renombrado como Bishop posteriormente) intentó boicotear los proyectos nazis durante los años 30. El equipo descubre el siguiente objetivo, donde Walter es capaz de convertir la toxina para ocuparla en el asesino, causándole la muerte. Al final, Olivia y Broyles deciden no arrestar a Walter por matarlo.
Después de que un edificio en Manhattan se destruya debido a que se fusiona con el mismo edificio del universo paralelo, Walter cree que otro edificio de la misma masa va a desaparecer con las personas que estén dentro. Con el fin de descubrir cuál será el edificio, el equipo confía en la capacidad que tiene Olivia de reconocer los objetos del otro lado. Cuando no logra hacerlo, viajan a Jacksonville, Florida, al lugar en que Walter experimentó con ella y otros niños con el Cortexiphan. Allí, Walter descubre que Olivia verá el edificio si siente miedo y al regresar a Manhattan, Olivia tiene miedo de no poder salvar a las personas indicadas y así recupera su habilidad nuevamente. Tras evacuar completamente el edificio antes de desaparecer, Olivia visita a Peter en la casa de Walter. Debido a su capacidad, se da cuenta de que Peter es del universo paralelo y Walter le ruega que no se lo diga a Peter.
Walter le explica a Olivia cómo en 1985 él inventó una ventana que le permitió ser testigo de los acontecimientos del universo paralelo. La historia de Walter es contada a través de un flashback: un joven Walter observa que en el universo alternativo el otro Walter (a quien apoda «Walternativo») está trabajando en un cura para el trastorno genético que está matando a las dos versiones del pequeño Peter. Una noche, el Peter del lado principal muere en los brazos de Walter. Después del funeral, Walter es testigo de que su versión alterna sintetiza exitosamente una cura, pero Walternativo se distrae debido a un Observador y así desecha la cura porque no miró su cambio de color. Walter decide perfeccionar la cura y luego viajar al universo alternativo para curar al Peter del otro lado. Walter termina de fabricar el medicamento y va a un congelado lago Reiden para abrir un portal. Nina Sharp llega e intenta detenerlo por temor a que ese portal pueda destruir la barrera entre ambos universos haciendo que colapsen. En un forcejeo, Walter cae al otro lado del portal y como Nina lo estaba deteniendo pierde parte de su brazo al cerrarse el portal. Además, descubre que su caída rompió el frasco de medicina. Entonces va a la casa, toma al Peter alternativo y regresa a su lado para hacer otra cura, pero la capa de hielo que cubre al lago se rompe y caen al agua congelada. El Observador Septiembre los salva y le explica a Walter que Peter es importante y que debe vivir. Después de curar a Peter, Walter renuncia a su plan original de devolvérselo a Walternativo porque Elizabeth, la madre de Peter, no quiere dejarlo ir.
Una mujer muere debido a un cáncer que se propagó solamente en minutos por su cuerpo. Después de más muertes, el equipo se da cuenta de que las víctimas eran sujetos de pruebas de Cortexiphan y que el asesino está transfiriendo su propio cáncer para retrasar su propia muerte. El asesino, James Heath, llega a Olivia e intenta transferirle su cáncer pero ella se defiende lo suficiente como para que Peter llegue a salvarla. Massive Dynamic pone en estado de coma a Heath hasta que empiecen a trabajar en sus habilidades. Además, después de pensarlo durante todo el episodio, Olivia decide finalmente no decirle a Peter sobre su origen, pero presiona a Walter ya que cree que es hora de decirle.
Un profesor de astrofísica del Instituto Tecnológico de Massachusetts, Alistair Peck (Peter Weller), está experimentando con su propio cuerpo para convertirse en una máquina del tiempo con el fin de viajar atrás en el tiempo y así poder ver a su novia que murió en un accidente automovilístico meses antes. Viaja en el tiempo hacía atrás dónde llega a un tren, afectando a los pasajeros que mueren debido a la gran energía. Cuando la División Fringe falla en detenerlo, el ciclo se repite nuevamente. La segunda vez, Walter se ofrece de voluntario para tratar de detenerlo. Llega a él y durante el encuentro Walter comparte su creencia de que cuando se trajo a Peter desde el universo paralelo, Dios lo ha estado castigando y Walter busca perdón a través de un tulipán blanco. Después del escape de Peck, es capaz de regresar con su novia y se reúne con ella antes que ambos mueran en un accidente automovilístico. Los acontecimientos del episodio nunca tuvieron lugar y se ve a Walter escribiendo una carta a Peter sobre de donde es en realidad, como al inicio del episodio, pero finalmente la termina quemando. Al final, él recibe una carta de Peck que contiene un dibujo de un tulipán blanco para que se pueda perdonar a sí mismo.
Olivia y su equipo investigan la muerte de dos adolescentes que tienen dos heridas parecidas a las que dejan los metamorfos y además descubren un embrión que no pudo llegar a ser metamorfo. Newton está planeando colocar una serie de balizas en diferentes lugares para abrir un portal hacia el universo paralelo. La División Fringe finalmente descubre donde será abierto el portal: en un puente abandonado. Peter se las arregla para crear un dispositivo de cancelación de ondas para cerrar el portal a pesar de que existe una posibilidad de morir pero cuando se encuentra ahí no muere, sino que es expulsado del lugar quedando inconsciente. Cuando despierta al día siguiente recuerda que vio a un hombre del otro lado que parecía ser inmune a los efectos así como él también fue inmune. Entonces se da cuenta de que es del universo paralelo y se enoja con Walter por haberlo sacado del lugar que pertenece. Al final, Olivia le revela a Walter que Peter se ha retirado del hospital y nadie sabe donde está.
Olivia envía su sobrina Ella al laboratorio de Walter para que Astrid la cuide mientras ella sale. Para pasar el tiempo, Walter (que acaba de fumar su propia mezcla especial de marihuana llamada «Brown Betty») le cuenta una historia a Ella sobre detectives, donde Olivia, una investigadora privada, toma el caso de una cliente (Rachel) para conocer el paradero de su novio (Peter) quien tiene en su posesión un corazón artificial. Posteriormente, Olivia encuentra muerta Rachel a quien le falta su corazón. Esto lo lleva hacia un científico, Walter, quien hace inventos en beneficio de la humanidad y cree que Peter se robó el corazón artificial. Después, Nina Sharp secuestra a Olivia pero es rescatada por Peter. Él le cuenta que el corazón es suyo y que Walter es el responsable por robar los inventos de los sueños de los niños y los reemplaza por pesadillas. Después de que el corazón de Peter es robado durante un ataque de los Observadores, planean ir donde Walter y enfrentarlo. En el final original, Peter no perdona a Walter pero como Ella se decepciona por ese final decide cambiarlo a uno feliz donde Walter, Peter y Olivia viven felices por siempre. Al final del episodio, Septiembre siente preocupación por la desaparición de Peter.
Peter viaja a un pequeño pueblo y se involucra en la desaparición y asesinato de una joven mujer, Krista, luego que ella hiciera planes para encontrarse con él para nunca más aparecer. Inicialmente la policía sospecha de Peter, pero este decide ayudarlos en la investigación después de haber visto de reojo a Newton, creyendo que los metamorfos son responsables de la desaparición y que más tarde vendrán por él, sin embargo, no quiere que Walter se involucre en el caso. Más tarde, la alguacil de la ciudad, Mathis (Martha Plimpton), se da cuenta de que su compañero y pareja también desapareció. Después de ir a la escena del crimen de Krista, Peter encuentra a Newton pero este escapa. Peter comienza a dudar sobre los motivos de los metamorfos luego de encontrar otro cuerpo pero eventualmente comienza a tener la idea de leer y rastrear los picos de adrenalinas para saber en que lugar fueron asesinadas las víctimas: una granja lechera. Encuentran al propietario que confiesa haber matado a las mujeres y que secuestró y torturó al compañero de la agente Mathis cuando lo descubrió. Al final, Peter se decide y prepara su regreso a Boston pero es abordado por Newton quien trajo al «Sr. Secretario», el hombre del otro lado, para que vea a Peter. El hombre resulta ser su verdadero padre, «Walternativo», que vino desde el universo paralelo.
Walter y Olivia descubren que Peter accedió ir con su verdadero padre, «Walternativo», de regreso a su universo. Un Observador deja un documento indicando que Peter es papel importante de una profecía: será responsable del fin del mundo. Con el fin de advertirle a Peter, la División Fringe descubre una manera de cruzar gracias a la capacidad de Olivia y otros tres sujetos Cortexiphan que tienen para cruzar: Nick, Sally y James. Ellos, junto a Walter cruzan exitosamente al otro lado y logran evitar ser capturados por la División Fringe alternativa. El grupo de Walter se dirige al Central Park para reunirse con William Bell pero se separan cuando creen que él los ha traicionado al decir sus ubicaciones a la División Fringe. Nick y Sally son asesinados, pero sin antes quemar gravemente al investigador principal de la división Fringe alterna, Lincoln Lee. Walter recibe un disparo y llega a un hospital. Olivia sigue a su homóloga alternativa y es interceptada por Bell. Él insiste en que nunca los traicionó y añade que Walter está en problemas. Walternativo es visto al final del episodio teniendo una pieza final del dispositivo del cual Peter será parte.
William Bell y Olivia rescatan a Walter del hospital. Walternativo le miente a Peter al decir que la máquina ayudará a curar su mundo. Peter conoce a la Olivia alternativa, quien lo lleva a su nuevo departamento. Walter y Bell se dirigen a Harvard para reunir el equipo necesario para regresar a casa. Olivia se enfrenta con su versión alterna, dejándola inconsciente y así toma su identidad. Peter descubre que la máquina es simbiótica y lo necesita para ser controlada. Una Olivia encubierta conoce a la versión alterna de Charlie para encontrar a Peter por su propia seguridad. Olivia deja inconsciente a la versión alternativa de Charlie y revela su identidad a Peter diciéndole la verdadera función de la máquina y las intenciones de Walternativo. Peter dice que no pertenece a ningún mundo, así que Olivia le releva sus sentimientos por él, convenciéndolo de que vuelva al mundo principal. Ellos corren para reunirse con Walter y Bell en la Casa de la Ópera, pero la división Fringe, comandada por la Olivia alternativa, los intercepta. Bell y Olivia los mantienen ocupados mientras Peter y Walter configuran las dimensiones del dispositivo para volver a casa. Sin embargo, sin energía el dispositivo no funciona así que Bell se sacrifica para crear una reacción nuclear usando su cuerpo como molécula inestable. Peter le dice a Walter que nunca lo entenderá pero que lo perdona porque ha viajado dos veces a otro universo para salvar su vida. Olivia va a recibir órdenes, pero resulta que la Olivia alternativa cruzó al universo principal en vez de la original. La agente Dunham del universo principal se encuentra en una detención militar en el universo paralelo. Walternativo la mira fijo mientras ella suplica por ser liberada.
La temporada fue producida por Bad Robot Productions en asociación con Warner Bros. Television. Aunque la serie se ambienta en Boston, la producción se trasladó, durante la segunda temporada, desde Nueva York a Vancouver debido a necesidades económicas, ya que la serie perdió la locación de Nueva York gracias al incentivo que hace Estados Unidos para que sus producciones se graben en el extranjero. Fringe, como consecuencia, obtuvo un nuevo personal de producción, especialmente del equipo de guionistas, aunque los cocreadores J. J. Abrams, Roberto Orci y Alex Kurtzman y el productor Bryan Burk siguieron involucrados en la serie. Jeff Pinkner y J. H. Wyman también regresaron como productores ejecutivos y show runners. Jeff Vlaming y el director de un episodio de la primera temporada, Akiva Goldsman, se unieron al equipo como productores consultores. Mientras que Abrams se encargó de la coescritura de seis episodios durante la primera temporada, durante la segunda escribió una cantidad mucho menor ya que se concentró en otros proyectos como la película Star Trek. Él explicó que "a veces vamos a hablar todos los días. Otras veces habrá un período largo de tiempo en que no hablemos, pero nos enviaremos muchos correos electrónicos. Hay un montón de cosas que se pueden hacer de esa menera." Eden FX y Zoic Studios fueron proveedores para los efectos visuales de la serie, dándole a Fringe un sentido claro de continuidad. Jay Worth, el encargado de la supervisión de efectos visuales, comentó que estaban trabajando con dos empresas quienes "ayudaron a la serie a no sentirse tan rara de una temporada o otra, especialmente con los cambios del equipo de producción y el cambio de ambiente." A pesar del distanciamiento de Abrams durante la temporada, se le enviaron todos los efectos visuales de la serie durante la producción y él respondía con notas y ajustes.
En respuesta a las críticas que dijeron que algunos de los episodios de la primera temporada fueron muy bien tratados y resueltos, Jeff Pinkner, comentó hacia el final de aquella temporada que "al principio creíamos que sería buena idea hacer la trampa de presentar las preguntas, pero después tendríamos que resolver con total rapidez las cosas y hemos tratado de corregir esa premisa" de las preguntas que no se respondieron de inmediato. Así mismo explicó que el objetivo de la nueva temporada es "tener la energía de una serie grande y hacer buenos episodios... Estamos aprendiendo como hacer esta versión como una historia de detectives. Realmente no es una serie procidemental de policías. Tiene elementos de todo, es una gran mezcla de géneros. Creemos que estamos mejorando a la hora de encontrar nuestro camino a través de estas historias." En su afán de explorar la condición humana, Pinkner y Wyman piensan que el género de ciencia ficción les da oportunidades de contar "fantásticas historias que nadie más puede tocar", específicamente aquellas historias que tratan sobre la moral, el bien y el mal, los límites y los peligros del conocimiento, la religión, la ciencia frente a las acciones humanas y aquellas preguntas como "¿a dónde vamos como pueblo y sociedad?" Wyman llamó la serie "la historia del secuestro por excelencia", mientras que Pinkner cree que es "una serie de drama familiar disfrazado de historias procedimentales de cuasi ciencia ficción."
Pinkner, Abrams, Orci, Burk, Kurtzman, Wyman y Goldsman desarrollaron juntos la trama de la segunda temporada. Goldsman explicó que "mapearon" la temporada y que "de alguna manera nos mantuvimos fieles a ella" A pesar, cambiaron algunos pequeños aspectos como la relación entre Peter y Olivia ya que "llevamos esa historia a un ritmo diferente a la originalmente planeada". Mientras que la primera temporada se centró en Olivia y el hecho de descubrir la existencia de un enemigo, el segundo ciclo fue diseñado para "[hacer] un tipo muy específico de confrontación" entre los dos universos. Pinkner explicó que "la segunda temporada es sobre la gente del otro lado haciendo el movimiento final de la invasión y aclarar la razón de sus motivos." Al mismo tiempo, los productores describieron la segunda temporada como un viaje de "autoactualización" y "maduración para nuestros personajes." Ellos querían que los tres miembros principales del elenco se sintieran más cómodos en el equipo de la División Fringe, así que Peter empezó a ser escrito para que fuera más heroico y tener un deseo reprimido de ayudar a su padre, mientras que Walter se hizo, gradualmente, más independiente y "conectado al planeta como un ser humano normal." Además hicieron que el secreto de los orígenes de Peter fuera una de las historias principales de la temporada. Mientras que la audiencia había sido informada sobre el secreto de Walter durante la final de la primera temporada, los productores querían contar la historia. Durante un tiempo, Walter había estado "sufriendo y, desesperadamente, intentaba estar tranquilo" mientras Olivia y Peter se acercaban más a la verdad. Para darse el "tiempo necesario" de desarrollar la historia, Pinkner evitó centrarse solamente en el hecho, así que también se centró en las consecuencias que Peter y Olivia tendrían si descubrieran eventualmente la verdadera historia.
La mitología de la segunda temporada fue pensada para ser revelada en pequeñas partes. A lo largo de la temporada, Pinkner y Wyman intentaron crear episodios «independientes» para los espectadores ocasionales pero con mayor complejidad para los espectadores regulares donde había un avance de la mitología de la serie. Al inicio de la temporada, Pinkner creyó haber encontrado un buen ritmo entre los dos tipos de episodios, incluso la mitología "realmente afecta a los personajes, pero los [episodios] autónomos superan a los mitológicos." Después de que la temporada terminó, Wyman comentó en la Convención Internacional de Cómics de San Diego que "aprendimos que a los fanáticos de la serie les encanta la mitología pero hay ciertas necesidades para las cadenas de televisión. Así que empezamos a experimentar algo llamado «mythalone» (mitoindependiente) que no son episodios autónomos ni episodios mitológicos." Wyman citó el episodio 18 de la temporada, «White Tulip», como un ejemplo, afirmando que "puedes ver que estás siguiendo el viaje de Walter [hacia el perdón], lo cual es una combinación perfecta." Los productores de Fringe se esforzaron por no perderse en la mitología, un tema que ellos creían que había pasado en Alias, otra serie de televisión de Abrams. Pinkner explicó que "lo divertido para nosotros es que estamos construyendo y dándole contenido a un universo donde la mitología no es tan complicada. Es un secuestro, una adopción [...] que todo el mundo puede entender. Solo estamos contando una historia a través de este conjunto único de circunstancias." En un comunicado en conjunto emitido a mitad de temporada, Abrams, Pinkner y Wyman señalaron que su "única regla interna es hacer todo lo posible para no solamente plantear dudas mitológicas, sino que responder estas dudas y generar una consecuencia."
A petición de Fox, los escritores desarrollaron un episodio musical llamado «Brown Betty» para encajar en la campaña de la cadena llamada «Fox rocks» en un intento de promocionar la serie Glee. Mientras que el episodio ya tenía la mayoría de los elementos necesarios antes de la petición de Fox, los productores fueron capaces de añadir los temas musicales como un recurso narrativo para explorar los sentimientos de Walter debido al descubrimiento de la verdad que hizo Peter y a su posterior huida. Para preparar la final de temporada, los productores comenzaron a desarrollar las características del universo paralelo tiempo antes. En relación a la idiosincrasia de los dos universos, Pinkner y Wyman se enfocaron en la construcción del mundo y las diferentes elecciones que se habían tomado en el Otro Lado como el hecho de que World Trade Center aún seguía en pie pero no así la Casa Blanca. Otras particularidades históricas del universo paralelo incluyen la oxidación de la Estatua de la Libertad y el uso de dirigibles como transporte. Ellos creían que todos esos detalles eran "la textura que efectivamente daba la sensación de ser otro mundo. La riqueza de los detalles hacen que se sienta real."
A medida que la serie comenzó a ser filmada en Vancouver, el campus de la Universidad de Columbia Británica sirvió como locación sustituta para la Universidad de Harvard. Debido a sus edificios históricos y a sus tiendas de antigüedades, muchas de las escenas ambientadas en el universo alternativo fueron filmadas en New Westminster, una zona a las afueras de Vancouver. El productor consultor y director de Fringe en la temporada pasada, Akiva Goldsman, regresó para dirigir varios episodios, así como lo hizo el productor Brad Anderson, el productor ejecutivo Joe Chappelle y el productor Paul Edwards. Los directores invitados para esta temporada incluyeron a Bryan Spicer, Jon Cassar, Dennis Smith, Paul Holahan, Jeannot Szwarc, Frederick E. O. Toye, Deran Sarafian, Adam Davidson, Charles Beeson, David Straiton, Thomas Yatsko, Jeffrey Hunt y Seith Mann.
Al igual que la temporada anterior, el segundo ciclo contó con los tres personajes principales que trabajan juntos para resolver diversos casos Fringe. Anna Torv interpretó a la agente del FBI Olivia Dunham, quién es capaz de viajar entre universos como resultado de los experimentos realizados con el medicamento nootrópico, Cortexiphan, durante su infancia. El hombre responsable de los experimentos fue el Dr. Walter Bishop que fue interpretado por John Noble. El hijo de Walter, Peter Bishop, quien fue robado de un universo paralelo, fue interpretado por Joshua Jackson. Otros miembros del reparto principal incluyen a Jasika Nicole como la agente asistente del FBI y asistente del laboratorio de Walter, Astrid Farnsworth, a Lance Reddick como el agente Phillip Broyles, a Blair Brown como la ejecutiva de Massive Dynamic, Nina Sharp, y a Kirk Acevedo como el agente Charlie Francis. El personaje de este último fue asesinado en el cuarto episodio de la temporada, sin embargo, Pinkner y Wyman dieron a entender que el actor podría regresar más adelante en la temporada. Acevedo regresó como actor invitado en la final de la temporada como la versión alterna de Charlie Francis. Acevedo también apareció en el episodio «Unearthed», un episodio que fue filmado durante la primera temporada, pero que se emitió como un especial y el undécimo de la segunda temporada.
La segunda temporada tuvo un gran número de actores invitados recurrentes. Michael Cerveris interpretó a Septiembre/El Observador, un misterioso hombre que observa acontecimientos importantes. Apareció en todos los episodios de la segunda temporada, pero sus apariciones, en general, constaban de un par de segundos. Observadores adicionales también aparecieron, como fue el caso de Agosto (Peter Woodward) y Diciembre (Eugene Lipinski). Por otro lado, Ryan McDonald caracterizó al científico de Massive Dynamic, Brandon Fayette, mientras que el fundador de la compañía, el Dr. William Bell, fue interpretado por Leonard Nimoy a pesar del reciente retiro del actor. Thomas Jerome Newton, uno de los villanos principales de la temporada, fue interpretado por Sebastian Roché. Kevin Corrigan interpretó a Samuel Weiss, un misterioso hombre que ayuda a Olivia a recuperarse de sus lesiones. Ari Graynor apareció como la hermana de Olivia, Rachel Dunham, mientras que Lily Pilblad interpretó a la hija de Rachel y sobrina de Olivia, Ella Blake. Orla Brady se encargó de dar vida a Elizabeth Bishop, la esposa de Walter. Al inicio de la temporada, una nueva agente del FBI, Amy Jessup, apareció, siendo caracterizada por Meghan Markle, mientras que el actor Roger Cross hizo su aparición como un metamorfo. Otras personas que fueron sometidas al medicamento Cortexiphan como James Heath y Nick Lane fueron interpretados por Omar Metwally y David Call respectivamente. Karen Holness apareció como la exesposa de Broyles, Diane, y Clark Middleton interpretó al raro vendedor de libros, Edward Markham. Philip Winchester apareció como el novio de la Olivia alterna, Frank Stanton, mientras que Seth Gabel estuvo a cargo del rol del agente Lincoln Lee del universo paralelo. Ambos aparecieron en la final de temporada. Por otra parte, J. R. Bourne dio vida al agente Edwards de la CIA y Gerard Plunkett dio vida al senador James Van Horn.
Otros actores invitados destacados durante la temporada fueron Andrew Airlie, Stefan Arngrim, Demore Barnes, Jenni Blong, Pascale Hutton, Ravil Isyanov, Ravi Kapoor, Alice Kremelberg, Diane Kruger, Quinn Lord, Tzi Ma, Stephen McHattie, Jennifer Missoni, Cameron Monaghan, Michael O'Neill, Geoff Pierson, Martha Plimpton, Paul Rae, John Savage, Peter Weller y Craig Robert Young.
La primera temporada de Fringe terminó con un promedio de 10,02 millones de espectadores por episodio y entre las nuevas series fue la más vista dentro del demográfico 18–49 años. El 4 de mayo de 2009, una semana antes de la final de la primera temporada, Fox renovó a Fringe por una segunda temporada completa de 22 episodios. El presidente del área de entretenimiento, Kevin Reilly, explicó que "Fringe demostró ser un gran acierto a nuestra programación durante toda la temporada y realmente tiene fanáticos que hacen zumbar un edificio, además de una espectacular final de temporada."
A mediados de mayo de 2009, Fox anunció que la segunda temporada de Fringe pasaría a emitirse los jueves, en vez de los martes, a la hora más competitiva: 9:00 P. M. Kevin Reilly explicó que el movimiento se debió a que "la puerta está más abierta esa noche como no lo ha estado en mucho tiempo. Fringe es una verdadera alternativa a la hora de los clásicos [Grey's Anatomy y CSI: Crime Scene Investigation]." Sin embargo, a pesar de la percepción «saludable» de la primera temporada, el estreno del segundo ciclo fue visto, de forma estimada, por 7,817 millones de espectadores. Las audiencias de la temporada siguieron decayendo, culminando con 5,68 millones de espectadores durante la final de temporada. La segunda temporada de Fringe terminó promediando 6,252 millones de espectadores por episodio con un share de 2,3 de índice de audiencia en el grupo demográfico de 18 a 49 años, causando que la serie quedara en el lugar número 79 de las series más vistas de la temporada televisiva. Sin embargo, Fringe y la serie Bones ayudaron a que Fox aumentara en un 52% la audiencia en el grupo demográfico de 18 a 49 años y un 65% en el número de televidentes con respecto a la misma noche de la temporada televisiva anterior. A pesar de las mediocres audiencias, Fringe recibió una renovación por una tercera temporada completa el 6 de marzo de 2010.
La segunda temporada de Fringe recibió críticas mixtas inclinadas hacia positivas. Al principio de la temporada, la serie fue destacada en la portada de Entertainment Weekly, en la edición del 18 de septiembre, prometiéndole a los lectores que hay una "inmersión profunda en el gore. Ocurrente mundo de Fringe por Fox." Metacritic, un sitio web de críticas de películas, le dio a la segunda temporada una puntuación 75 de 100 basada en diez comentarios, lo que le dio una recepción de «generalmente favorable». Después de los primeros ocho episodios, el columnista de la revista Entertainment Weekly, Ken Tucker, le dio a la serie un A-, llamándola "una de las más rápidas, inteligentes e ingeniosas series de la televisión actual... Fringe exitosamente mezcla el género policial con la ciencia ficción y da a conocer las conspiraciones con una sincera emoción." Peter Swanson, de la revista Slant Magazine, le dio a Fringe dos estrellas y media después de ver los primeros seis episodios de la temporada. Él creía que la segunda temporada estaba "un poco forzada, atascada en el interior creativo entre el hecho de obtener nuevos espectadores y la necesidad de desarrollar la mitología de la serie." Mientras que Swanson entendía la necesidad de atraer a un público más amplio, él pensaba que los episodios independientes no tenían mucho de interesante ya que "no han podido asustar, ni siquiera vagamente." Sin embargo, Swanson encontraba que la guerra entre dos universos podía ser "particularmente convincente" y expresó su esperanza para que Fringe pudiera "encontrar su equilibrio."
En una crítica sobre la segunda temporada completa, IGN apuntó al hecho de que tuvo un "buen comienzo". La primera parte de la temporada contiene "algunos episodios bastante mediocres" que "hicieron preocupar a un montón de fanáticos debido a los rumores de cancelación", aunque la segunda mitad "demostró que Fringe sigue siendo una de las mejores series de televisión sobre ciencia ficción." The A.V. Club aprobó la temporada y afirmó que la primera mitad fue "entretenida" pero esencialmente nunca no logra tomar una mejora, aunque a medida que avanza la temporada "la serie finalmente engrandece los casos frikis de la semana." The A.V. Club además agregó que "el episodio «Peter» de la segunda temporada finalmente dramatizó el momento que cambió la vida de Peter, dándole un argumento general emocional devastador a la serie, basado en el amor de un padre en vez de conceptos teóricos. La serie mejoró a partir de ahí ya que esta supo ampliar su mundo hacia conceptos concretos. Fringe es una mezcla rara de ideas innovadoras, de ambición y de cambios inesperados." El Seattle Post-Intelligencer opinó que la final de temporada de "Fringe ha sabido encontrar realmente su equilibrio, haciendo episodios atrevidos y experimentales, como el musical «Brown Betty»... y episodios independientes desgarradores como «White Tulip» (que podría ser mi episodio favorito de este año dejando fuera Lost).
En particular, los críticos destacaron el estreno de la temporada, «A New Day in the Old Town», así como los episodios «Peter», «White Tulip» y la final de temporada, «Over There». Las actuaciones de los tres miembros principales del elenco fueron alabadas y varios críticos señalaron que la serie continuó con su sentido del humor que se viene viendo desde la primera temporada. La segunda temporada de Fringe fue elegida durante el 2010 por varios medios, como es el caso de The New York Times, Entertainment Weekly, Digital Spy, New York Post, The Daily Beast, Seattle Post-Intelligencer, TV Squad de AOL, entre otros, como «lo mejor de la televisión». Además, IGN nombró a Fringe como la mejor serie de ciencia ficción de 2010, superando a Lost, Caprica y Stargate Universe.
Para los Premios Primetime Emmy de 2010, el actor Joshua Jackson y la actriz Anna Torv fueron presentados por sus trabajos realizados durante la segunda temporada para poder ser nominados en las categorías mejor actor en serie dramática y mejor actriz en serie dramática respectivamente. Los actores John Noble, Lance Reddick, Kirk Acevedo y la actriz Blair Brown fueron presentados por sus trabajos para ser nominados en las categorías mejor actor de reparto en serie dramática y mejor actriz de reparto en serie dramática respectivamente. La segunda temporada de Fringe se presentó para ser considerada como mejor serie dramática pero no logró conseguir la nominación. El fracaso de la serie a la hora de conseguir alguna nominación a los Emmy fue percibido como un notable desaire a la serie por muchos medios de comunicación.
La segunda temporada recibió nominaciones en los Emmy a las Artes Creativas, categoría Mejor Edición de Sonido,y en los Golden Reel Awards.En este último, el episodio musical de la temporada, «Brown Betty», recibió una nominación en la categoría Mejor Corto Musical en Televisión. Noble, Torv y el actor invitado Leonard Nimoy fueron nominados a los Premios Saturn 2010 donde Torv y Nimoy ganaron en sus respectivas categorías. Por otra parte, Noble también recibió una nominación en los Premios Satellite 2010, pero perdió ante John Lithgow, actor de Dexter.
La segunda temporada de Fringe fue lanzada en DVD y Blu-ray en la región 1 el 14 de septiembre de 2010, en la región 2 el 27 de septiembre de 2010 y en la región 4 el 10 de noviembre del mismo año. Los sets incluyen los 22 episodios (más un episodio no emitido) de la segunda temporada en 6 discos de DVD y en los Blu-ray en 4 discos presentados en formato anamórfico. Los sets incluyen como material extra pistas de comentarios para el episodio «Momentum Deferred» con Jill Risk, Matthew Pitts, Danielle Dispaltro, Justin Doble y Charles Scott IV; para el episodio «Peter» con John Noble, Blair Brown y Damian Holbrook; para el episodio «Brown Betty» con Tanya Swerling, Billy Gottlieb, Chris Tilton y Jay Worth; y para el episodio «Over There, Part 2» con Jeff Pinkner, J. H. Wyman y Akiva Goldsman. También incluyen cortometrajes detrás de escenas como «Analyzing the Scene» (Analizando la escena) en seis episodios, «Dissected Files: Unaired Scenes» (Archivos disecados: Escenas eliminadas) en ciertos episodios y «Unusual Side Effects: Gag Reel» (Efectos secundarios inusuales). Otros cortometrajes incluidos son «In the Lab with John Noble and Prop Master Rob Smit» (En el laboratorio con John Noble y el jefe de utilería Rob Smith) y «Beyond the Pattern: The Mythology of Fringe» (Más allá del patrón: La mitilogía de Fringe). El episodio no emitido de la primera temporada, «Unearthed», aparece como material extra, separado de los demás episodios.
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