El origen de los mapuches es la descripción de la forma en que los ancestros del pueblo mapuche, o los aborígenes que se pueden denominar ya propiamente mapuches, se originaron o llegaron al territorio mapuche.
Las antiguas hipótesis más conocidas, aunque en la actualidad muy discutidas, son tres:
Luego de proponerse estas hipótesis, la de Latcham fue la que ganó popularidad hasta la segunda mitad del siglo XX, sin embargo, en su favor no existen evidencias arqueológicas, etnográficas ni lingüísticas sólidas[cita requerida]. En la actualidad, hay cierto consenso en favor de la hipótesis de un origen en actual territorio chileno o «teoría autoctonista»[cita requerida].
Existen diversas culturas testimoniadas arqueológicamente en Chile en el territorio histórico ocupado por los mapuches:
Los mapuches históricos no eran completamente homogéneos ni cultural ni lingüísticamente, existiendo algunas diferencias menores entre ellos. Los mapuches en sentido amplio engloban a los llamados huiliches (grupos meridionales) y los picunches (grupos septentrionales), si bien etnográficamente pueden encontrarse más divisiones como:
Lingüísticamente la lengua de los mapuches, el mapudungun (con una variedad sureña divergente llamada chesungun) es una lengua aislada. Eso significa que no existe un parentesco probado con otras lenguas ni de la región ni de fuera de ella. Si bien han existido numerosas propuestas de posibles parentescos, típicamente comparaciones con gününa yajič (puelche) o con las lenguas chon, la revisión de esas propuestas sugiere que no existe ningún parentesco con esas lenguas regionales. Otros parentescos propuestos, que nunca tuvieron gran aceptación y hoy se consideran completamente descartados son las propuestas de Louisa Stark y Eric Hamp, a principios de los años 1970, con lenguas de Mesoamérica, o con la igualmente abandonada propuesta de considerarla parte de las lenguas yungas. Lyle Campbell discute estas propuestas y muestra contundentes evidencias que las hacen inviables. Más recientemente Mary R. Key (1978) propuso una posible relación con otras lenguas de Chile meridional: el kawésqar y el yagán (las propuestas de Key además relacionan estas lenguas con lenguas de Bolivia y Perú, que tampoco han tenido ninguna aceptación). Joseph Greenberg retomaría sin mucho éxito algunas de las propuestas anteriores conjeturando un grupo andino donde situó al mapuche junto con algunos de los grupos mencionados anteriormente. Así, la mayor parte de especialistas, consideran que el mapuche es una lengua no emparentada con ninguna otra lengua conocida.
Las poblaciones de indígenas andinos y chilenos muestran un exceso de alelos poco frecuentes con respecto a lo encontrado en la parte oriental de América del Sur. Esto sucede cuando la población de una región está en continuo aumento, lo que es compatible con el hecho de que la región andina tenía las mayores densidades de población desde el surgimiento de las sociedades agrícolas complejas hacia el 4000 a.C., mientras que las poblaciones del resto del continente estaban más fragmentadas y en general tenían un menor nivel de desarrollo socioeconómico y demográfico.
Los datos arqueológicos y genéticos sugieren que las poblaciones humanas habrían entrado en Sudamérica durante el pleistoceno. Además los datos de difusión genética probable sugieren que la región andina desde muy antiguo debió ser la más poblada, lo que también es sugerido por los datos arqueológicos. Además, los datos sugieren que las poblaciones mapuches al igual que las del sur de Chile tienen una mayor cercanía con las poblaciones indígenas de las tierras altas del Perú, que por ejemplo los indígenas de las tierras bajas de Bolivia o el Amazonas.[cita requerida]
Algunos datos adicionales muestran que los mapuches y los yaganes no presentan casi nunca el haplogrupo A (ADNmt) mientras que el haplogrupo B (ADNmt) es escaso. En cambio, entre los pehuenches estos haplotipos sí se presentan, lo que apunta a que los pehuenches tienen un origen diferente al de los mapuches, lo que concuerda con la idea de que en parte los pehuenches son un grupo mapuchizado. Aun así, el resto de haplogrupos encontrados en pehuenches y mapuches muestran menor distancia entre sí que con las poblaciones del sur de Chile.
En 2019 una investigación de la Universidad de Tarapacá. liderada por el doctor en genética humana Francisco Rothhammer Engel —premio nacional de Ciencias Naturales en 2016—, concluyó que los mapuches llegaron al actual territorio chileno desde la Amazonia, bajando por la costa atlántica y cruzando por el Chaco. Además, dicha investigación determinó que en el caso del grupo mapuche se aprecian dos componentes genéticos aymara y quechua, y del lado de Argentina de la foresta tropical. Desde allí bajaron grupos por el lado atlántico de América del Sur, pasaron por el Gran Chaco y se desplazaron al lado chileno por medio de los muchos pasos existentes en el sur de Chile.
Al no ser concluyentes ni demostradas ninguna de las hipótesis antiguas, se han realizado numerosos estudios arqueológicos que han descartado las hipótesis de un origen mapuche en las pampas, el Chaco o la Amazonia. Ejemplo de ello son los estudios arqueológicos basado en los descubrimientos del antropólogo estadounidense Tom Dillehay, quien ha encontrado sorprendentes nuevos yacimientos arqueológicos e incluso grandes túmulos de tierra llamados cuel o kwel.
Los estudios arqueológicos de Grete Mostny y Carlos Aldunate han confirmado que, en la temprana unidad cultural, no se aprecian huellas del elemento pampeano postulado antiguamente por Latcham. Así otras nuevas hipótesis sobre el origen de la etnia mapuche, indicarían que el territorio ocupado hoy por Chile antes de la aparición de la cultura mapuche, habría estado habitado por grupos recolectores que no tenían asentamiento fijo, pero sí ocupaban ciertas áreas de manera estable y que vivían de la caza de guanacos y huemules, además de la recolección de moluscos, frutos y semillas. Planteándose que estos grupos fueron la base del asentamiento mapuche, y que uno de estos grupos se erigió sobre el resto, e impuso su lenguaje y sus creencias. Sin embargo aún no se puede afirmar con precisión como se originó esta etnia, y solo hay evidencia precisa de que, alrededor de los años 500 y 600 a. C., ya existía una cultura que puede seguirse con certeza hasta los mapuches de siglos posteriores.
Según el antropólogo e historiador José Bengoa, «los mapuches al igual que todos los pueblos originarios, fueron los primeros en nombrar los paisajes de Chile», indicando posteriormente que «los antiguos mapuches, según todas las nuevas teorías, serían originarios del propio territorio chileno. Se trataría de grupos antiguos que fueron evolucionando y cambiando. Es probable que también establecieran contactos con otros pueblos del norte. La secuencia de los hallazgos arqueológicos recientes es clara. Existiría una relación, por ejemplo en la cerámica entre los grupos alfareros del norte chico del centro de Chile y del sur mapuche». Explica lo anterior señalando que «podríamos decir simplificando que las culturas fueron aprendiendo unas de otras de norte a sur, a través de muchos siglos. Ya a partir del siglo VII, los enterramientos, cacharros, tejidos y demás señales culturales encontradas por los especialistas, muestran que la cultura mapuche está cada vez más constituida».
En mayo de 2007, el investigador Patricio Bustamante presentó una nueva hipótesis en la que postuló que la cultura Molle podría haber sido la cultura mapuche arcaica. Esta hipótesis se basó en que la cultura Molle se desarrolló entre el año 1 y el 800 de nuestra era y que los mapuches aparecieron como cultura propiamente tal alrededor del siglo VII. Estas fechas pueden llevar a engaño en cuanto a que a partir de esa fecha «desapareció» la cultura Molle y de manera independiente «nació» la cultura mapuche. Una explicación que parece razonable es que hacia el final del periodo fue mutando, transformándose hasta el punto de parecer una cultura completamente diferente. Esto puede explicarse por las migraciones y el ocupamiento de espacios geográficos más al sur con un entorno climático de lluvia predominante y abundancia de bosques. Así, esta última hipótesis, basada en evidencias circunstanciales disponibles en la actualidad (toponimia, petroglifos que pueden representar leyendas mapuches, ausencia de topónimos de idioma desconocido atribuibles a la cultura Molle, el hecho de que ambas sean culturas ribereñas con adoración del espíritu de los cerros y otras), permite postular que posiblemente la que hoy conocemos como la cultura Molle podría ser la cultura mapuche arcaica.
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